OMICRON – hämmentävän nopea. Joka suhteessa.

Juuri kun rokotekattavuus saatiin yli 80%. Juuri kun koronapassit saatiin voimaan. Juuri kun pikkujoulukausi alkaa, niin… PAM! OMICRON-variantti sulkee suurinpiirtein koko maailman muutamassa päivässä.

Mikä on variantti?

Kaikki virukset mutatoituvat ajan mittaan ja RNA-virukset, kuten SARS-CoV-2, ei ole poikkeus. Jokainen tartunta lisää mahdollisuuksia uusien mutaatioiden muodostumiseen.

Ajoittain löydetään uusia kantalinjoja, jotka voivat lisätä esimerkiksi tarttuvuutta tai muita viruksen ominaisuuksia. Kun huolestuttava variantti havaitaan, se saa Variant of Concern (VOC) merkinnän.

SARS-CoV-2 S-geeni

SARS-CoV-2:n S-geeni koodaa pintaproteiinia, piikkiproteiinia, joka mahdollistaa viruksen tartunnan.

SARS-CoV-2 tartuttaa solun seuraavasti: SARS-CoV-2 piikkiproteiini muuntuu konformaatiomuutoksessa, jossa S1-trimeerit kääntyvät ylös ja laajenevat, lukkiutuen solun pintaan sitoutuneeseen ACE2:een. Transmembraaniproteaasi-seriini 2 (TMPRSS2) tulee katkaisemaan piikkiproteiinin pään, paljastaen S2-varren muotoisen alayksikön (stalk-shaped subunit).

Piikkiproteiinin jäljelle jäänyt osa käy läpi konformaatiomuutoksen, joka saa sen avautumaan kuin jatkotikkaat ja uppoamaan solukalvoon. Sitten se taittuu takaisin itseensä vetäen viruskalvon ja solukalvon yhteen. Nämä kaksi kalvoa sulautuvat, ja viruksen proteiinit siirtyvät solun pinnalle. SARS-CoV-2-nukleokapsidi tunkeutuu soluun, luovuttaa oman geneettisen materiaalinsa ja aloittaa viruksen replikaatioprosessin kaappaamalla solun omat rakenteet tuottamaan enemmän viruksia. 

Seuranta on osoittanut, että mutaatiot SARS-CoV-2 S-geenissä ovat yleisimpiä, mitkä vaikuttavat sen tarttuvuuteen ja käyttäytymiseen. Muutokset voidaan havaita nopeiten juuri S-geenissä.

Rokotteiden teho

Muutokset S-geenissä vaikuttavat myös rokotteiden tehokkuuteen. Nykyiset rokotteet koodaavat wuhanin-viruksen piikkiproteiinia, jolle elimistö kehittää vasta-aineet. Jos virusvariantin piikkiproteiiniin tulee muutoksia, myös rokotteen teho luonnollisesti heikkenee.

Seulonta

Korona-PCR-positiivisista näytteistä tarkastellaan, onko kolmesta tutkitusta kohdegeenistä S-geeni jäänyt negatiiviseksi. Löydös vastataan tuloksella ”SGTF” (S gene target failure)” ja löydös voi viitata kliinisesti merkityksellisen virusvariantin mahdollisuuteen. 

SGTF-näytteet ohjataan sekvensointiin. Sekvensointitulos valmistuu noin 2-3 viikon kuluessa eli tällöin saadaan lopullinen varmistus variantista.

4.2.2021 alkaen virusvarianttien tutkiminen laajeni HUSLABissa kaikkiin positiiviseksi todettuihin näytteisiin. Kaikki positiiviset näytteet testataan S-geenin osalta ja mutaatiot löytyvät nopeasti tämän johdosta.

SARS-CoV-2 merkittävät variantit

Alpha B.1.1.7

Englannissa havaittiin syyskussa 2020 variantti, jonka tunniste on B.1.1.7. WHO nimesi sen Alpha-variantiksi 18. joulukuuta 2020, noin neljä kuukautta sen löytymisestä.

Beta B.1.351 

Etelä-Afrikassa havaittiin toukokuussa 2020 variantti, jonka tunniste on B.1.351. WHO nimesi sen Beta-variantiksi 18. joulukuuta 2020, noin kahdeksan kuukautta sen löytymisestä.

Gamma P.1

Brasiliassa havaittiin joulukuussa 2020 variantti, jonka tunniste on P.1. WHO nimesi sen Gamma -variantiksi 11. tammikuuta 2021, noin yksi kuukausi sen löytymisestä.

Delta B.1.617.2

Intiassa havaittiin lokakuussa 2020 variantti, jonka tunniste on B.1.617.2. WHO nimesi sen Delta-variantiksi 11. toukokuuta 2021, noin seitsemän kuukautta sen löytymisestä.

Omicron B.1.1.529

Botswanassa havaittiin marraskuussa 2021 variantti, jonka tunniste on B.1.1.529. WHO nimesi sen Omicron-variantiksi 26. marraskuuta 2021, kaksi viikkoa sen löytymisestä.

Ensimmäinen varoitus

Imperial ColleImperial College Londonin virologi tohtori Tom Peacock latasi ^[2]github– palveluun 23.11.2021 tietoja variantista ja esitti huolensa sen monista mutaatioista.

Muutokset S-geenissä

Kuvassa S-geeni. Violetti väri kuvaa mutaatioiden esiintyvyyttä. Omikronissa väri on suhteellisen violetti. Mutaatioita on siis paljon.

Vartailuksi Aplha- variantti.

Toimivatko rokotteet omicron- varianttiin

^[4]The SARS-CoV-2 Delta variant is poised to acquire complete resistance to wild-type spike vaccines– tutkimuksessa on selvitetty delta- variantin kykyä ohittaa rokotteiden antama suoja.

Lainaus tutkimuksesta: “Delta-variantti on erittäin tarttuva, ja täysin rokotetuilla havaitaan usein läpimurtoinfektiota (Lopez Bernal et al., 2021), mikä viittaa siihen, että neutraloivat vasta-aineet täysin rokotetuissa yksilöissä eivät riitä suojaamaan Delta-variantin aiheuttamaa infektiota vastaan.”

HUS- sairaaloiden rokotettujen osuus

HUS on julkaissut tilastoja sairaalaan joutuneista ja vaikka sairaaloita tiputetaan pois vertailusta tarpeen vaatiessa (Raaseporin sairaala), rokotettujen osuus on suurempi, kuin mitä annetaan ymmärtää.

Tutkimuksenkin perusteella delta- variantti väistää rokotteen antamaa immuunisuojaa. Tutkimus nostaa esiin hyvin huolestuttavamman asian.

Delta-variantin mahdollisten tulevien mutaatioiden ennustaminen

Tutkimuksessa paneuduttiin myös mutaatioden ennustamiseen. Sen mukaan Delta-variantti tuli täysin vastustuskykyiseksi (Pfizer Comirnaty) BNT162b2-immuuniseerumissa oleville anti-N-terminaalissa neutraloiville vasta-aineille hankkimalla mutaatioita N-terminaaliin.

Delta-variantti voi saada täydellisen resistenssin BNT162b2-immuuniseerumeille hankkimalla lisää mutaatioita reseptoria sitova domeeniin (RBD), jotka häiritsevät anti-RBD:tä neutraloivien vasta-aineiden tunnistamista. Monimutkaista, mutta jatka lukemista.

Kuinka täydellinen resistenssi saattaa syntyä

S-geenin K417N-mutaatiota painotetaan erityisesti, koska jos siihen tulee mutaatioita, virus voi saada täydellisen resistenssin mRNA-injektioille. Delta+- variantti on antanut sellaisia viitteitä.

Deltan S-geeni

Geenikartta näyttää mutaatioden esiintyvyyden violetilla värillä. Nuolen osoittamassa kohdassa ei näy mutaatioita. Delta-variantin K417N ei ole mutatoitunut.

Omicronin S-geeni

Nuolen osoittamassa kohdassa näkyy mutatoitumista. Omicron-variantin K417N on mutatoitunut, joten Omicron saattaa olla täydellisen resistentti rokotteille!

Onko variantti vaarallinen?

Ensimmäisten tietojen mukaan tartunnan saaneet potilaat ovat olleet vain lievästi oireisia. ^[1]Tohtori Angelique Coetzee on toiminut lääkärinä 30 vuotta Etelä-Afrikassa. Hän kertoo positiiviseksi testattujen oireiden olevan lieviä ja ne alkavat huonovointisuudella, lihaskivuilla ja väsymyksellä. Kukaan ei ole menettänyt haju tai makuaistia. Tauti kestää muutaman päivän. Potilaat ovat olleet nuorehkoja, puolet rokottamattomia, puolet rokotettuja. Variantin patogeenisyydestä ei tiedetä oikeastaan vielä oikein yhtään mitään.

Tarttuuko virus herkästi?

Portugali

29. marraskuuta uutisoitiin Portugalilaisen jalkapallojoukkueen jäsenen saaneen tartunnan Afrikan matkalla. Tartunta levisi myöhemmin 13:n jalkapallojoukkueen pelaajaan. Portugalin rokotuskattavuus on lähes 90%. Oletettavaa on, että pelaajat ovat rokotettuja.

Israel

30. marraskuuta Reuters uutisoi kahden Israelilaisen lääkärin saaneen Omicron- tartunnan. Kummatkin tartunnan saaneet ovat kolmesti rokotettuja.

Hämmentävän nopeata toimintaa

Imperial College Londonin virologi tohtori Tom Peacock latasi ^[2]github– palveluun 23.11.2021 tietoja variantista ja esitti huolensa sen monista mutaatioista ja sana alkoi levitä.

26.11.2021 WHO nimesi variantin Omicroniksi ja asetti sille Variant of Concern (VOC)- statuksen. Aikaisemmissa varianteissa on mennyt kuukausia niiden löytymisestä, nyt kaikki tehtiin muutamassa päivässä.

Lennot perutaan ympäri maailmaa Etelä-Afrikkaan

Samana päivänä EU:n komission puheenjohtaja Ursula von der Leyen sanoi lausunnossaan, että hän “ehdottaa tiiviissä yhteistyössä jäsenvaltioiden kanssa hätäjarrun aktivoimista Etelä-Afrikan alueelta lähtevän lentoliikenteen pysäyttämiseksi”. Myös Ursulalla on käytössään tuttu termi, “hätäjarrumekanismi”.

Omicron leviää

Lehdet ympäri maailmaa kertovat kahdesta epäillystä tartunnasta, monessa maassa, samoin sanakääntein. Vaikuttaa aivan siltä, että uutiset jaetaan joka maahan samasta lähteestä.

Nyt tapaukset varmistuvat Omicron- tapauksiksi ympäri maailmaa, vaikka sekvensointitulos valmistuu noin 2-3 viikon kuluessa. Tietenkin kiireessä sitä voi nopeuttaa. Omicron on siis hämmentävän nopea joka suhteessa.

Perustarkistus

Variantin mutaatioden määrä on hämmästyttävää. Variantin lanseerauksen nopeus on hämmästyttävää. Varmistettujen sekvensointien nopeus on hämmästyttävää. Löydön tekijä Dr Thomas Peacock työskentelee Imperial Collega London– laboratoriossa.

Imperial College London on Gates Fundationin suosikki. ^[7]Gates on lahjoittanut vuosien varrella yhteensä 303 875 383$. Puitteet ovat siis kunnossa!

Github– profiilin historia osoittaa, että sama henkilö oli kovin kiinnostunut myös delta-variantista. Hän on siis virologi oikeassa paikassa oikeaan aikaan!

Uusi variantti on nyt levinnyt koko maailmaan ja tulee valtaamaan nopeasti tilaa deltalta

Monessa maassa on nyt varmistettu tartuntoja. Niin tulee käymään myös Suomessa, se on täysin selvää. Variantin patogeenisyys on arvoitus. Kaikki on oikeastaan arvoitusta. Omicron on hämmentävän nopea ihan jokaisessa suhteessa ja varsinkin median suhteen.

Yhteys HIV-potilaaseen on nostettu esiin

Mediassa on myös liikkunut juttuja, jossa omicronin evoluutio on yhdistetty ^[3]HIV-potilaaseen. Se on varsin mielenkiintoinen ja vähän pelottavakin teoria.

Videossa lääketieteen nobelisti Luc Montagnier kertoo havaintojaan koronaviruksesta. Luc Montagnier sai Nobel- palkinnon HI-viruksen tutkimuksesta.

JA PAM! On palattu lähtöpisteeseen!

Asiaan liittyviä artikkeleita:

Omicron ─ The Number of the Beast

Lähteet:

Alpha B.1.1.7 https://outbreak.info/situation-reports?pango=B.1.351

Beta B.1.351  https://outbreak.info/situation-reports?pango=B.1.351

Gamma P.1 https://outbreak.info/situation-reports?pango=P.1

Delta B.1.617.2 https://outbreak.info/situation-reports?pango=B.1.617.2

Omicron B.1.1.529 https://outbreak.info/situation-reports?pango=B.1.1.529

Tracking SARS-CoV-2 variants https://www.who.int/en/activities/tracking-SARS-CoV-2-variants/

HUSissa käyttöön uusi menettely virusvarianttien tunnistamiseksi https://www.sttinfo.fi/tiedote/husissa-kayttoon-uusi-menettely-virusvarianttien-tunnistamiseksi?publisherId=23980819&releaseId=69900689

^[1] Omicron variant symptoms ‘unusual but mild’, says South African doctor https://nypost.com/2021/11/27/omicron-variant-symptoms-unusual-but-mild-says-south-african-doctor/

^[2] B.1.1 decendant associated with Southern Africa with high number of Spike mutations https://github.com/cov-lineages/pango-designation/issues/343

^[3] Omicron variant could have emerged from AIDS patient with prolonged Covid https://theprint.in/health/omicron-variant-could-have-emerged-from-aids-patient-with-prolonged-covid-scientists-suspect/773982/

^[4] The SARS-CoV-2 Delta variant is poised to acquire complete resistance to wild-type spike vaccines https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2021.08.22.457114v1.full

^[5] Koronavirus lukuina https://www.hus.fi/ajankohtaista/koronavirus-covid-19/koronavirus-lukuina

^[6] High frequency of T9 and CFTR mutations in children with idiopathic bronchiectasis  https://jmg.bmj.com/content/40/7/530

^[7] Gates Fundation committed grants – Imperial College London https://www.gatesfoundation.org/about/committed-grants?q=imperial%20college%20london

^[8] High frequency of T9 and CFTR mutations in children with idiopathic bronchiectasis https://jmg.bmj.com/content/40/7/530

^[9] Keuhkoputken laajentumat (bronkiektasiat) https://www.terveyskirjasto.fi/dlk01047